Здравствуйте, Елена Викторовна!
О причинах, которые послужили для налогового органа основанием снизить Вам размер возвращаемых денежных средств, с учетом предоставленной Вами информации, можно только предполагать. Это может быть как неверный расчет суммы, так и наличие каких-либо недочетов в приложенных документах или самой налоговой декларации. Конкретная причина отказа в возврате должна быть мотивирована в решении налогового органа, которое он обязан принять по Вашему заявлению. Если Вам такое решение не вручено, требуйте его вручения в налоговом органе по месту учета. Если с причиной отказа в возврате Вы не согласитесь, то решение налогового органа следует обжаловать в вышестоящий налоговый орган, а если это не поможет - то оспаривать в суде.